Les premières loges anglaises n’imposent aucune religion d’État, en contraste avec ce qui existait alors en Europe avec les Églises d’État: catholique en France, en Espagne, dans la péninsule italienne, certains cantons suisses et des principautés allemandes à l’instar de la Bavière; Establish Church en Angleterre au profit de l’anglicanisme, luthéranisme dans plusieurs États allemands et dans l’Europe du Nord, le Prince étant l’évêque du dehors; orthodoxie enfin dans l’Empire des tsars.
Mais l’oecuménisme des constitutions d’Anderson est à prendre au sens précis du terme, celui des relations entre Églises chrétiennes. En effet, sont exclus de la maçonnerie "l’athée stupide" et "le libertin irréligieux".
En France où, lentement, se créent des loges à partir de 1725, celles-ci apparaissent comme des sociétés de bons vivants. Une autre minorité mystique se tourne vers l’ésotérisme, le mysticisme, voire l’occultisme dans le Rite Écossais rectifié de Willermoz et les Élus Cohen de Martinès de Pasqually, deux mouvements centrés, le premier à Lyon, le second à Bordeaux.
La Franc-maçonnerie n’a, semble-t-il, provoqué aucune opposition du côté des anglicans et des luthériens. Sur le continent, l’aspect société secrète a suscité des réserves ou des oppositions du pouvoir royal et de l’Église romaine. En 1738, Clément XII interdit l’adhésion aux sociétés secrètes. Un interdit repris par Benoît XIV en 1751. Ils sont sans effets en France puisque n’ayant pas été
enregistrées par le Parlement de Paris. Sous Louis XVI, on comptait dans le royaume plus de
800 loges avec plus de 30 000 adhérents.